TCIA数据库获取影像DICM文件
阿狸的Blog · 2021-08-07
大家好,我是阿狸,这里是阿狸笔记,今天的内容是我自学Mimics软件的第二集。上一节,我学会了如何安装Mimics。软件安装好了之后,要进一步的学习,就需要影像数据。但是,由于涉及到隐私,影像数据是很难获得了。那怎么办呢,那就要利用一些公开的影像数据库,比如说TCIA
。所以,我们今天学习的内容就是——如何从TCIA数据库获取影像DICM文件?下面我们就开始吧。
简介
**The Cancer Imaging Archive (TCIA)**是癌症研究的医学图像的开放获取数据库。该网站由国家癌症研究所(NCI)癌症影像计划资助,合同由阿肯色大学医学科学院管理。存档内的数据被组织成通常共享癌症类型和/或解剖部位的“集合”。 通常是由常见疾病(例如肺癌),图像形态(MRI,CT等)或研究焦点相关的患者。 DICOM是TCIA用于图像存储的主要文件格式。如果可用,还提供与图像相关的支持数据,如患者结果,治疗细节,基因组学,病理学和专家分析。大多数数据包括以DICOM格式存储的CT,MRI和核医学(例如PET)图像,但也提供或链接许多其他类型的支持数据,以增强研究效用。
TCIA资源旨在支持:
- 计算机辅助诊断方法的开发(定量成像)
- 通过可接受的标准统计方法评估无偏见的科学重现性
- 临床诊断医学图像与数字显微组织学图像的相关性研究
- 成像的关键因素的探索性生物标志物研究
- 跨学科研究者之间的协作,其中成像对于研究:肿瘤异质性 - 患者和肿瘤内部至关重要;组织时间反应跟踪 - 肿瘤进展的客观测量;成像基因组学和大数据联系和分析(临床,组织病理学,基因组学)。
操作步骤
- 点击上图中
Access the Data
,然后点击Search Radiology
,
- 然后点击
Search Radiology
, 显示初始化,等待一会儿
- 初始化完毕后,进入条件搜索界面,
- 这里以选择胸部CT为例,勾选
CHEST
,CT
前面的方框,右侧视窗会显示出搜到的数据,
- 点击一条数据前面的
购物车
图标, 图标变成绿色之后,然后点击最上方菜单栏的Download
,
- 在弹出的对话框中选择
Get NBIA Data Retriever
,
- 在弹出的界面中,选择左侧视窗中的
NBIA Data Retriever 4.1 Installation Files
,
- 然后选择自己电脑的系统,我这里选择
Windows
,
- 在弹出的对话框中,下载安装包并安装。
- 安装过程同其他windows软件,直接下一步就安装好了。
- 安装好了之后,桌面会有一个这样的图标:
- 然后我们回到搜索界面,点击
Download
,
- 在弹出的对话框中,选择
打开
或另存为
, 这里我另存到桌面,
- 这就是下载到桌面的这个文件:
- 直接双击打开,在弹出的对话框中,选择
Start
,当然,下载过程中也可以暂停,点Pause
键就好了。
- 下载开始后,会在桌面生成一个
同名
文件夹,就是下载的影像数据存储的地方,这个数据下载的速度可能会很慢(受到你的网速限制),不要着急,要有耐心,我验证了是可以下载成功的。
- 下载成功后的数据展示,让我们看看文件夹里面的DICM影响文件数据是这样的,而且是按编号排列的:
验证是否能导入Mimics
- 我把这些文件拷贝到一个叫
test
的文件夹里,
- 打开
Mimics
,点击菜单栏中的File
,点击New project wizard
,
- 在弹出的对话框中,选择桌面的
test
文件,然后点击next
,
- 文件开始导入,
- 导入成功后,我们可以查看图像的一些信息,也能够预览图像,
- 然后点击
Convert
, 在弹出的对话框中确认图像的方向,没有错误的化,就选择ok
。
- 成功了,我们可以在
Mimcs
中查看这个肺CT的影像数据了,再也不用担心没有影像数据了,可以进一步学习mimics
的用法了。世界真美好!
好吧,你学会了么?找到这个网站的时候我十分兴奋,如果没有影像数据,真的没法继续学习这个软件了。既然炊具和食材都有了,那我们赶紧研究菜谱吧,下一期视频我将从今天下载的肺CT数据开始,了解一下Mimics中肺CT的应用。如果你感兴趣的化,记得关注呃。今天的内容就是这些,我是阿狸,再见。